按保護(hù)類型可分為三類：

第一類是生態(tài)系統(tǒng)類，保護(hù)的是典型地帶的生態(tài)系統(tǒng)。例如廣東鼎湖山國家級(jí)自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)對(duì)象為亞熱帶常綠闊葉林。甘肅連古城自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)對(duì)象為沙生植物群落。吉林查干湖自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)對(duì)象為湖泊生態(tài)系統(tǒng)。

第二類是野生生物類，保護(hù)的是珍稀的野生動(dòng)植物。例如，黑龍江扎龍自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)以丹頂鶴為主的珍貴水禽。福建文昌魚自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)對(duì)象是文昌魚。廣西上岳自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)對(duì)象是金花茶。

第三類是自然遺跡類，主要保護(hù)的是有科研、教育或旅游價(jià)值的化石和孢粉產(chǎn)地、火山口、巖溶地貌、地質(zhì)剖面等。例如，山東山旺自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)對(duì)象是生物化石產(chǎn)地。湖南張家界森林公園，保護(hù)對(duì)象是砂巖峰林風(fēng)景區(qū)。黑龍江五大連池自然保護(hù)區(qū)，保護(hù)對(duì)象是火山地質(zhì)地貌。

按保護(hù)目的還可以分為：

1、以保護(hù)完整的綜合自然生態(tài)系統(tǒng)為目的的自然保護(hù)區(qū)。例如以保護(hù)溫帶山地生態(tài)系統(tǒng)及自然景觀為主的長白山自然保護(hù)區(qū)，以保護(hù)亞熱帶生態(tài)系統(tǒng)為主的武夷山自然保護(hù)區(qū)和保護(hù)熱帶自然生態(tài)系統(tǒng)的云南西雙版納自然保護(hù)區(qū)等。

2、以保護(hù)某些珍貴動(dòng)物資源為主的自然保護(hù)區(qū)。如四川臥龍自然保護(hù)區(qū)和王朗自然保護(hù)區(qū)以保護(hù)大熊貓為主，黑龍江扎龍和吉林向海自然保護(hù)區(qū)以保護(hù)丹頂鶴為主。四川鐵布自然保護(hù)區(qū)以保護(hù)梅花鹿為主等。

3、以保護(hù)珍稀孑遺植物及特有植被類型為目的的自然保護(hù)區(qū)如廣西花坪自然保護(hù)區(qū)以保護(hù)銀杉和亞熱帶常綠闊葉林為主。黑龍江豐林自然保護(hù)區(qū)及涼水自然保護(hù)區(qū)以保護(hù)紅松林為主。福建萬木林自然保護(hù)區(qū)則主要保護(hù)亞熱帶常綠闊葉林等。

4、以保護(hù)自然風(fēng)景為主的自然保護(hù)區(qū)和國家公園。如四川九寨溝、縉云山自然保護(hù)區(qū)、江西廬山自然保護(hù)區(qū)、臺(tái)灣省的玉山國家公園等。

5、以保護(hù)特有的地質(zhì)剖面及特殊地貌類型為主的自然保護(hù)區(qū)。如以保護(hù)近期火山遺跡和自然景觀為主的黑龍江五大連池自然保護(hù)區(qū)。保護(hù)珍貴地質(zhì)剖面的天津薊縣地質(zhì)剖面自然保護(hù)區(qū)。保護(hù)重要化石產(chǎn)地的山東臨朐山旺萬卷生物化石保護(hù)區(qū)等。

6、以保護(hù)沿海自然環(huán)境及自然資源為主要目的的自然保護(hù)區(qū)。主要有臺(tái)灣省的淡水河口保護(hù)區(qū)，蘭陽、蘇花海岸等沿海保護(hù)區(qū)。海南省的東寨港保護(hù)區(qū)和清瀾港保護(hù)區(qū)（保護(hù)海涂上特有的紅樹林）等。

由于建立了一系列的自然保護(hù)區(qū)，中國的大熊貓、金絲猴、坡鹿、揚(yáng)子鱷等一些珍貴野生動(dòng)物已得到初步保護(hù)，有些種群并得以逐步發(fā)展。如安徽的揚(yáng)子鱷保護(hù)區(qū)繁殖研究中心在研究揚(yáng)子鱷的野外習(xí)性、人工飼養(yǎng)和人工孵化等方面取得了突破，使人工繁殖揚(yáng)子鱷幾年內(nèi)發(fā)展到1600多只。又如曾經(jīng)一度從故鄉(xiāng)流失的珍奇動(dòng)物麋鹿已重返故土，并在江蘇大豐縣和北京南苑等地建立了保護(hù)區(qū)，以便得到馴養(yǎng)和繁殖，大豐縣麋鹿保護(hù)區(qū)擁有的麋鹿群體居世界第三位。此外，在西雙版納自然保護(hù)區(qū)的原始林中，發(fā)現(xiàn)了原始的喜樹林。有些珍稀樹種和植物在不同的自然保護(hù)區(qū)中已得到繁殖和推廣。