雖然矩陣式組織結(jié)構(gòu)有許多優(yōu)點(diǎn)，但同樣也有一些不足，主要有：

（1）項(xiàng)目管理權(quán)力平衡困難。矩陣式組織結(jié)構(gòu)中項(xiàng)目管理的權(quán)力需要在項(xiàng)目經(jīng)理與職能部門之間平衡，這種平衡在實(shí)際工作中是不易實(shí)現(xiàn)的。

（2）信息回路比較復(fù)雜。在這種模式下，信息回路比較多，即要在項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)中進(jìn)行，還要在相應(yīng)的部門中進(jìn)行，必要時(shí)在部門之間還要進(jìn)行，所以易出現(xiàn)交流、溝通不夠的問題。

（3）項(xiàng)目成員處于多頭領(lǐng)導(dǎo)狀態(tài)。項(xiàng)目成員正常情況下至少要接受兩個(gè)方向的領(lǐng)導(dǎo)，即項(xiàng)目經(jīng)理和所在部門的負(fù)責(zé)人，容易造成指令矛盾、行動(dòng)無所適從的問題。